Medicinos
specialistams
VeriSeq™ NIPT Solution v2 – vienas patikimiausių neinvazinių prenatalinių tyrimų rinkoje
Tyrimo specifiškumas ir jautrumas siekia >99,9 %
Norėdami užtikrinti geriausią savo pacienčių priežiūrą visu nėštumo laikotarpiu, NIPT tampa nepamainomas. Šiuo metu VeriSeq™ NIPT Solution v2 yra vienas patikimiausių NIPT tyrimų rinkoje [1]. Ištyrus visas 23 chromosomų poras, šis tyrimas suteikia išsamią informaciją apie vaisiaus genomą, leidžiančią padaryti detalias ir būtinas įžvalgas ankstyvuoju pacientės nėštumo laikotarpiu.
Išsamu
Tyrimas leidžia nustatyti visas chromosomines vaisiaus ligas, įskaitant dideles (≥7 Mb) delecijas ir duplikacijas, esančias vaisiaus genome.
Tikslu
Illumina naujos kartos sekoskaitos technologijos dėka NIPT tyrimas nustato 21, 18 ir 13 trisomijas ≥99,9% tikslumu [3].
Patikima
Tyrimas atliekamas modernioje Illumina sertifikuotoje laboratorijoje, veikiančioje pagal ISO 15189:2023 reikalavimus.
Saugu
Tyrimas yra neinvazinis, todėl nėra persileidimo ar kitų komplikacijų rizikos.
Patvirtinta
VeriSeq™ NIPT Solution v2 veikimas patvirtintas didelės apimties klinikinių tyrimų duomenimis [2,4,5].
Ankstyva
Tyrimas atliekamas jau nuo 10-os nėštumo savaitės; anksti gaunami rezultatai suteikia daugiau laiko apsvarstyti tolesnę nėštumo eigą su paciente.
Klinikinio veiksmingumo duomenys
|
21 chromosomos trisomija |
18 chromosomos trisomija |
13 chromosomos trisomija |
Visų autosomų aneuploidijos | Dalinės delecijos ir duplikacijos | |
|---|---|---|---|---|---|
|
Jautrumas |
> 99,9 % |
> 99,9 % |
> 99,9 % |
96,4 % |
74,1 % |
|
Specifiškumas |
> 99,90 % |
> 99,90 % |
> 99,90 % |
99,80 % |
99,80 % |
| Jautrumas | Specifiškumas | |
|---|---|---|
|
21 chromosomos trisomija |
> 99,9 % |
> 99,90 % |
|
18 chromosomos trisomija |
> 99,9 % |
> 99,90 % |
|
13 chromosomos trisomija |
> 99,9 % |
> 99,90 % |
|
Visų autosomų aneuploidijos |
96,4 % |
74,1 % |
|
Dalinės delecijos ir duplikacijos |
99,80 % |
99,80 % |
Atsakomybės apribojimas: VeriSeq™ NIPT Solution v2 21, 18 ir 13 chromosomų trisomijų aptikimo jautrumas ir specifiškumas nurodytas vienvaisio nėštumo atvejais (išskyrus žinomus mozaicizmo atvejus). Šaltinis: VeriSeq™ NIPT Solution v2 Package Insert (Illumina, Inc. 2021 m.)
Remiantis naujausiomis ACOG/SMFM rekomendacijomis NIPT tyrimas rekomenduojamas visoms nėščiosioms, nepriklausomai nuo to ar nėštumas yra mažos ar didelės rizikos [1].
„
Cirkuliuojančios neląstelinės vaisiaus DNR [angl. cell-free DNA, cfDNA] nustatymas [NIPT] ir diagnostinių tyrimų galimybė turėtų būti aptarti ir pasiūlyti visoms pacientėms ankstyvuoju nėštumo laikotarpiu, nepriklausomai nuo motinos amžiaus ar nėštumo rizikingumo lygio.
“
„
Cirkuliuojančios neląstelinės DNR nustatymas [NIPT] yra jautriausias ir specifiškiausias atrankinės patikros tyrimas, naudojamas siekiant nustatyti dažniausias vaisiaus aneuploidijas (21, 13 ir 18 chromosomų aneuploidijos); [tyrimą] galima atlikti bet kuriuo nėštumo metu nuo 9-10 nėštumo savaitės.
“
– ACOG/SMFM klinikinės praktikos gairės akušeriams ir ginekologams [1].
Tyrimo procedūra
7-10 mL nėščiosios periferinio pilnos sudėties kraujo suenkama į STRECK Cell-Free DNA BCT® CE mėgintuvėlį, naudojant gamintojo rekomenduojamas 21G ar 22G adatas.
Centrifuguojant iš kraujo atskiriama plazma, kuri toliau naudojama cfDNR gryininime.
cfDNR gryninimas atliekamas adsorbuojant nukleorūgštis ant surišimo plokštelės kolonėlės membranos, kuri vėliau, siekiant pašalinti priemaišas, nuplaunama. Galiausiai atliekamas cfDNR eliuavimas iš membranos.
Panaudojant unikalius specifinius adapterius kiekvienam mėginiui ruošiama cfDNR biblioteka, reikalinga sekoskaitos etapui.
Tuomet, naudojant interkaliuojantį fluorescuojantį dažą, įvertinama paruoštų bibliotekų koncentracija. Naudojant neapdorous fluorescencijos nuskaitymo duomenis R programinės įrangos skripto pagalba apskaičiuojama mėginio koncentracija.
Galiausiai, R skripto pagalba iš mėginio koncentracijų apskaičiavus sekoskaitai reikalingą mėginio kiekį, paruoštos bibliotekos sujungiamos į bendrą telkinį (angl. pool).
Vykstant sutelktų cfDNR bibliotekų sekoskaitai, sekos nuskaitomos iš abiejų molekulės galų (angl. paired-end sequencing). Tokiu būdu per tą patį laiką yra sukuriama dvigubai daugiau duomenų, nei skaitant sekas tik iš vienos pusės (angl. single-end sequencing). Taip ypač greitai ir efektyviai nustatomi visų cfDNR fragmentų ilgiai kiekviename mėginyje. Šiuos duomenis VeriSeq NIPT tyrimo programinės įrangos algoritmas naudoja analizuodamas būtent trumpesnius fragmentus tam, kad padidintų vaisiaus cfDNR signalą.
Šio etapo metu tiriamo genomo nuskaitymai filtruojami pagal griežtus kokybės kriterijus ir palyginami su referentiniu genomu. VeriSeq NIPT programinės įrangos taikomas sudėtingas išplėstinis algoritmas leidžia įvertinti nuskaitymų skaičius kiekvienos chromosomos atveju. Gautas rezultatas atspindi normalizuotą tiriamosios chromosomos arba subchromosominės srities padengimą (angl. coverage) ir pasitarnauja aptinkant bei diferencijuojant aneuploidijas ir kopijų skaičiaus pokyčius (angl. copy number variations, CNVs). Programinė įranga taip pat pateikia kiekvieno mėginio vaisiaus frakcijos įvertinimą, kuris kartu su padengimu ir kitais sekoskaitos metu sugeneruotais statistiniais rodikliais, naudojamas siekiant ypač tiksliai įvertinti aneuploidijos statusą.
Pasibaigus duomenų analizei, VeriSeq NIPT programinė įranga kiekvienai chromosomai kiekvieno mėginio atveju sugeneruoja „Aneuploidija nustatyta“ arba „Aneuploidija nenustatyta“ atsakymą.
Jei aptinkama CNVs, ataskaitoje nurodomos tikslios koordinatės genome.
Sugeneruotas tyrimo atsakymas pateikiamas užsakovui.
01
Kraujo paėmimas
7-10 mL nėščiosios periferinio pilnos sudėties kraujo suenkama į STRECK Cell-Free DNA BCT® CE mėgintuvėlį, naudojant gamintojo rekomenduojamas 21G ar 22G adatas.
02
Plazmos atskyrimas
Centrifuguojant iš kraujo atskiriama plazma, kuri toliau naudojama cfDNR gryininime.
03
cfDNR bibliotekų paruošimas
cfDNR gryninimas atliekamas adsorbuojant nukleorūgštis ant surišimo plokštelės kolonėlės membranos, kuri vėliau, siekiant pašalinti priemaišas, nuplaunama. Galiausiai atliekamas cfDNR eliuavimas iš membranos.
Panaudojant unikalius specifinius adapterius kiekvienam mėginiui ruošiama cfDNR biblioteka, reikalinga sekoskaitos etapui.
Tuomet, naudojant interkaliuojantį fluorescuojantį dažą, įvertinama paruoštų bibliotekų koncentracija. Naudojant neapdorous fluorescencijos nuskaitymo duomenis R programinės įrangos skripto pagalba apskaičiuojama mėginio koncentracija.
Galiausiai, R skripto pagalba iš mėginio koncentracijų apskaičiavus sekoskaitai reikalingą mėginio kiekį, paruoštos bibliotekos sujungiamos į bendrą telkinį (angl. pool).
04
Sekoskaita
Vykstant sutelktų cfDNR bibliotekų sekoskaitai, sekos nuskaitomos iš abiejų molekulės galų (angl. paired-end sequencing). Tokiu būdu per tą patį laiką yra sukuriama dvigubai daugiau duomenų, nei skaitant sekas tik iš vienos pusės (angl. single-end sequencing). Taip ypač greitai ir efektyviai nustatomi visų cfDNR fragmentų ilgiai kiekviename mėginyje. Šiuos duomenis VeriSeq NIPT tyrimo programinės įrangos algoritmas naudoja analizuodamas būtent trumpesnius fragmentus tam, kad padidintų vaisiaus cfDNR signalą.
05
Duomenų analizė
Šio etapo metu tiriamo genomo nuskaitymai filtruojami pagal griežtus kokybės kriterijus ir palyginami su referentiniu genomu. VeriSeq NIPT programinės įrangos taikomas sudėtingas išplėstinis algoritmas leidžia įvertinti nuskaitymų skaičius kiekvienos chromosomos atveju. Gautas rezultatas atspindi normalizuotą tiriamosios chromosomos arba subchromosominės srities padengimą (angl. coverage) ir pasitarnauja aptinkant bei diferencijuojant aneuploidijas ir kopijų skaičiaus pokyčius (angl. copy number variations, CNVs). Programinė įranga taip pat pateikia kiekvieno mėginio vaisiaus frakcijos įvertinimą, kuris kartu su padengimu ir kitais sekoskaitos metu sugeneruotais statistiniais rodikliais, naudojamas siekiant ypač tiksliai įvertinti aneuploidijos statusą.
06
Atsakymų pateikimas
Pasibaigus duomenų analizei, VeriSeq NIPT programinė įranga kiekvienai chromosomai kiekvieno mėginio atveju sugeneruoja „Aneuploidija nustatyta“ arba „Aneuploidija nenustatyta“ atsakymą.
Jei aptinkama CNVs, ataskaitoje nurodomos tikslios koordinatės genome.
Sugeneruotas tyrimo atsakymas pateikiamas užsakovui.
Kaip veikia VeriSeq™ NIPT Solution v2?
Vaizdo įraše glaustai paaiškinamas testo principas, detaliau aptariami 3 pagrindiniai tyrimo etapai.
EN
>99%
Tiksliausias atrankinės patikros testas 21, 18 ir 13 chromosomų trisomijų nustatymui [1, 6-8].
Atliekamas
nuo
10
savaitės
Genetinės vaisiaus būklės nustatymas jau nuo 10-os nėštumo savaitės [1].
procedūra
Ženkliai mažesnis invazinių procedūrų skaičius nepaveiktų nėštumų atveju [6-10].
Šaltiniai:
- Rose NC, et al. Obstet Gynecol, 2020, doi: 10.1097/AOG.0000000000004084.
- Van Opstal D, et al. Genet Med. 2018, doi: 10.1038/gim.2017.132.
- Pertile MD, et al. Clin Chem. 2021, doi: 10.1093/clinchem/hvab067.
- Pertile MD. Genome-wide cell-free DNA-based prenatal testing for rare autosomal trisomies and subchromosomal abnormalities. In: Page-Christiaens L, Klein H-G, eds. Noninvasive Prenatal Testing (NIPT): Applied Genomics in Prenatal Screening and Diagnosis. London, United Kingdom: Academic Press Elsevier; 2018:97-123.
- Harasim T, et al. Clin Med. 2022, doi: 10.3390/jcm11020372.
- Bianchi DW, et al. N Engl J Med. 2014, doi: 10.1056/NEJMoa1311037
- Gil MM, et al. Ultrasound Obstet Gynecol. 2017, doi: 10.1002/uog.17484.
- Chudova DI, et al. N Engl J Med. 2016 https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/27406371/
- Platt LD, et al. Am J Obstet Gynecol. 2014, doi: 10.1016/j.ajog.2014.03.065.
- Larion S, et al. Obstet Gynecol. 2014, doi: 10.1097/AOG.0000000000000275
